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如果您在上海注册的公司遇到商家问题并需要投诉，可以拨打以下电话。
1、上海市消费者投诉热线：12315，这是工商管理部门专门为消费者设立的投诉热线，可以投诉关于商品购买、售后服务等相关问题。
2、上海市商务举报投诉热线：1233商务局综合执法部门负责监管商贸市场，处理商务领域违法违规行为的举报投诉，如果公司遇到商业合同、商业欺诈等问题，可以拨打此电话投诉。
还可以拨打商家所在地的消费者协会电话进行投诉，上海消费者协会联系方式为：电话申诉热线：021-12315（与上述热线功能相似），如果涉及到具体的行业或领域，还可以找到对应的行业协会进行投诉，具体的电话号码可以通过搜索引擎或当地的电话黄页找到。
在拨打投诉电话之前，建议先准备好详细的情况说明和相关证据，以便更好地反映问题并寻求解决方案，如果问题无法通过电话解决，还可以考虑向相关部门或专业机构寻求进一步的帮助和建议，同时请注意，投诉需要客观真实，避免恶意投诉。